为配合2016年运河扩建完工，巴拿马运河港口管理局（ACP）公布了新的船舶通行收费方法。因巴拿马运河的第三个船闸将于2016年一季度正式开通，ACP设计了一个双层定价系统，对使用现有船闸的商船和使用新通行路线的新巴拿马型船只分别计费。收费将根据不同的测度单位计费，其中，集装箱船的计费单位为TEU，干散货船的计费单位为总载重吨（DWT）和货物荷载吨位，油轮的计费单位为总吨位和货物荷载吨。

　　ACP表示，将推行“忠实客户”项目，当年运输TEU量超过特定数值后，大客户可获得优惠的价格。相较于原收费方法，新的收费方法将推行基于运输量为基础的计费方式，且根据船舶大小不同，实行差异化收费。据悉，无论商船是否在新闸道通航，新的收费方法都将于2016年4月1日正式生效。